Marka Asseco WAPRO istnieje na polskim rynku od 1994 roku. Przez pierwszych 13 lat oprogramowanie znajdowało się w ofercie firmy WA-PRO. Spółka WA-PRO (początkowo S.C., od 2001 r. Sp. z o.o.) została założona przez Wojciecha Frysztaka i Jarosława Frączaka, którzy byli autorami pierwszych programów:

• Systemu do obsługi magazynów i sprzedaży (WF-MAG) dla DOS
• Komputerowej księgi przychodów i rozchodów ( WF-KaPeR) dla DOS

Dzięki dobremu dopasowaniu funkcjonalnemu do potrzeb rodzącej się gospodarki wolnorynkowej, integracji między systemami, niezawodności i łatwości obsługi oraz bardzo atrakcyjnej cenie duet systemów stał się przebojem sprzedażowym i pozwolił na zainwestowanie pozyskanych środków w nowe produkty DOS’owe w latach 1995-1998:

• System finansowo-księgowy (WF-FaKir)
• Program kadrowo-płacowy (WF-GANG)
• Aplikację do obsługi i ewidencji środków trwałych i amortyzacji (WF-bESTiA)

Pełny komplet programów do obsługi firmy umożliwił dynamiczny rozwój WA-PRO i uzyskanie statusu jednego z liderów rynku oprogramowania dla małych przedsiębiorstw. Firma zbudowała także sieć Partnerów Handlowych na terenie całej Polski (ponad 500 punktów sprzedaży).

W latach 1998-2003 nastąpiło przeniesienie rozwiązań ze środowiska DOS na platformę Windows.

W tym okresie powstały nowe wersje programów bazujące na najnowocześniejszych technologiach bazodanowych SQL firmy Microsoft. Spółka WA-PRO stała się jednym z pierwszych „złotych partnerów” Microsoft. Dzięki bardzo szybko rosnącemu udziałowi w rynku baz danych MS SQL wybór tej technologii okazał się bardzo istotny dla osiągnięcia wysokiej pozycji WA-PRO na rynku. W 2000 r. firma przystąpiła także do programu OPP – Partnerstwa z Oracle.

W roku 2004 nastąpił podział produktów w linie produktowe: START, BIZNES, PRESTIŻ, BIURO, a później także MOBILE. Produkty w poszczególnych liniach zostały dostosowane optymalnie do potrzeb i możliwości różnej wielkości przedsiębiorstw z sektora MSP.

Lata 1998-2005 to okres intensywnej pracy nad rozbudową, umocnieniem i wzrostem kompetencji sieci sprzedaży. Spotkania informacyjne, szkoleniowe oraz integracyjne wpisane zostały w stały harmonogram działań WA-PRO. Firma zaoferowała atrakcyjny program partnerski, pozwalający na stały rozwój i wzrost roli Partnera.

W okresie od 2003 do 2005 roku ugruntowała się pozycja WA-PRO na rynku. W 2005 r. firma uzyskała najlepsze wyniki w kraju, jeśli chodzi o liczbę sprzedanych licencji*.

W roku 2006 WA-PRO Sp. z o.o. weszło do Grupy Kapitałowej Asseco, będącej jednym z największych dostawców oprogramowania własnego w Europie Środkowo-Wschodniej.

W czerwcu 2007 roku nastąpiło połączenie WA-PRO Sp. z o.o. z firmą Asseco Business Solutions SA, zaś Pion Biznesowy WA-PRO w strukturze nowej firmy stał się odpowiedzialny za zarządzanie i kontynuację rozwoju oprogramowania WA-PRO.

Od dnia 12 maja 2009 roku oprogramowanie znane przez 15 lat pod marką WA-PRO jest dostępne pod nową nazwą Asseco WAPRO.